Четвертая Мировая война шиноби началась. После того как Тоб, лидер организации Акацуки, объявил о своих целях и намерениях, пять Великих стран шиноби объединились в доселе неведомую структуру - Альянс шиноби. Во главе Альянса встал Четвертый Райкагэ Эй. Штабом альянса была выбрана Кумогакуре, в которой на данный момент сосредоточены силы Альянса. Вся армия, состоящая как из шиноби, так и из самураев, состоит из пяти дивизий и четырех вспомогательных команд. Генералом же армии стал Гаара, бывший джинчуурики, который на своем опыте убедился, какую опасность представляют собой Акацуки.

В то время как шиноби были заняты формированием Альянса, Акацуки тоже не сидели сложа руки. К оставшимся членам организации - Тоби, Кисаме и Зецу - присоединился бывший помощник Орочимару, Якуши Кабуто. Вживив в себя клетки своего хозяина, он завладел и его силой, в том числе и запретной техникой Вселенского Воскрешения (Эдо Тенсей). С ее помощью он призвал целую армию погибших шиноби, которые когда-то были известны своими навыками и умениями. Помимо этого, Тоби удалось клонировать белую половину Зецу, и теперь против Альянса готова выступить 100 000 армия клонов и элитные команды мертвецов.

Но во время войны все хотят отхватить свою долю добычи, не так ли? Во всех странах начали формироваться отряды мародеров, грабителей и просто оборванцев, которые хотят получить выгоду от войны. Но это еще не самое пугающее. Недавно в Кумогакуре поступила информация о так называемых Радикалах, или Раджикару, - таинственной организации, состоящей из нукенинов S-ранга различных деревень. Новые Акацуки? Нет, у Раджикару другие цели. Они не согласны с политикой альянса и хотят взять ход событий в свои руки. Скорее всего, общее количество частников этой организации - 13, а главным у них является некий Каэде Акигава, бывший житель Кумо, покинувший деревню несколько лет назад. О нем ходят разные слухи, в том числе и то, что он владеет всеми пятью базовыми стихиями.

Чем закончится Великое Противостояние противоборствующих сторон? Кто победит врагов и установит новый мировой порядок? Решать только Вам!